第十二章的保安處分條款針對特定犯罪或危險行為人設置了感化教育、監護、禁戒與強制治療等保護性措施。第八十六條規定對未滿十四歲不罰者或未滿十八歲減輕刑罰者，可送入感化教育。第八十七條與第八十八條規範對精神異常或成癮者，依狀況施以監護或禁戒。第八十九條則針對酗酒犯罪者進行禁戒，並在第九十條中規定對有犯罪習慣者強制勞動。第九十一之一條對於特定性犯罪的再犯風險者，提供五年以下的強制治療，並依評估可延長。保護管束則作為替代措施，適用於緩刑或假釋期間，並且可隨時撤銷。條款亦規定外國人可在刑滿後驅逐出境，以及保安處分與刑罰執行的先後順序和免除執行的條件。
刑法第86條:
因未滿十四歲而不罰者，得令入感化教育處所，施以感化教育。
因未滿十八歲而減輕其刑者，得於刑之執行完畢或赦免後，令入感化教育處所，施以感化教育。但宣告三年以下有期徒刑、拘役或罰金者，得於執行前為之。
感化教育之期間為三年以下。但執行已逾六月，認無繼續執行之必要者，法院得免其處分之執行。
刑法第87條:
因第十九條第一項之原因而不罰者，其情狀足認有再犯或有危害公共安全之虞時，令入相當處所或以適當方式，施以監護。
有第十九條第二項及第二十條之原因，其情狀足認有再犯或有危害公共安全之虞時，於刑之執行完畢或赦免後，令入相當處所或以適當方式，施以監護。但必要時，得於刑之執行前為之。
前二項之期間為五年以下；其執行期間屆滿前，檢察官認為有延長之必要者，得聲請法院許可延長之，第一次延長期間為三年以下，第二次以後每次延長期間為一年以下。但執行中認無繼續執行之必要者，法院得免其處分之執行。
前項執行或延長期間內，應每年評估有無繼續執行之必要。
刑法第88條:
施用毒品成癮者，於刑之執行前令入相當處所，施以禁戒。
前項禁戒期間為一年以下。但執行中認無繼續執行之必要者，法院得免其處分之執行。
刑法第89條:
因酗酒而犯罪，足認其已酗酒成癮並有再犯之虞者，於刑之執行前，令入相當處所，施以禁戒。
前項禁戒期間為一年以下。但執行中認無繼續執行之必要者，法院得免其處分之執行。
刑法第90條:
有犯罪之習慣或因遊蕩或懶惰成習而犯罪者，於刑之執行前，令入勞動場所，強制工作。
前項之處分期間為三年。但執行滿一年六月後，認無繼續執行之必要者，法院得免其處分之執行。
執行期間屆滿前，認為有延長之必要者，法院得許可延長之，其延長之期間不得逾一年六月，並以一次為限。
刑法第91條:
（刪除）
刑法第91-1條:
犯第二百二十一條至第二百二十七條、第二百二十八條、第二百二十九條、第二百三十條、第二百三十四條、第三百三十二條第二項第二款、第三百三十四條第二項第二款、第三百四十八條第二項第一款及其特別法之罪，而有下列情形之一者，得令入相當處所，施以強制治療：
一、徒刑執行期滿前，於接受輔導或治療後，經鑑定、評估，認有再犯之危險者。
二、依其他法律規定，於接受身心治療、輔導或教育後，經鑑定、評估，認有再犯之危險者。
前項處分期間為五年以下；其執行期間屆滿前，檢察官認為有延長之必要者，得聲請法院許可延長之，第一次延長期間為三年以下，第二次以後每次延長期間為一年以下。但執行中認無繼續執行之必要者，法院得停止治療之執行。
停止治療之執行後有第一項情形之一者，法院得令入相當處所，繼續施以強制治療。
前項強制治療之期間，應與停止治療前已執行之期間合併計算。
前三項執行或延長期間內，應每年鑑定、評估有無繼續治療之必要。
刑法第92條:
第八十六條至第九十條之處分，按其情形得以保護管束代之。
前項保護管束期間為三年以下。其不能收效者，得隨時撤銷之，仍執行原處分。
刑法第93條:
受緩刑之宣告者，除有下列情形之一，應於緩刑期間付保護管束外，得於緩刑期間付保護管束：
一、犯第九十一條之一所列之罪者。
二、執行第七十四條第二項第五款至第八款所定之事項者。
假釋出獄者，在假釋中付保護管束。
刑法第94條:
（刪除）
刑法第95條:
外國人受有期徒刑以上刑之宣告者，得於刑之執行完畢或赦免後，驅逐出境。
刑法第96條:
保安處分於裁判時併宣告之。但本法或其他法律另有規定者，不在此限。
刑法第97條:
（刪除）
刑法第98條:
依第八十六條第二項、第八十七條第二項、第三項規定宣告之保安處分，其先執行徒刑者，於刑之執行完畢或赦免後，認為無執行之必要者，法院得免其處分之執行；其先執行保安處分者，於處分執行完畢或一部執行而免除後，認為無執行刑之必要者，法院得免其刑之全部或一部執行。
依第八十八條第一項、第八十九條第一項規定宣告之保安處分，於處分執行完畢或一部執行而免除後，認為無執行刑之必要者，法院得免其刑之全部或一部執行。
依刑事訴訟法第一百二十一條之一第一項或第三項前段宣告之暫行安置執行後，認為無執行刑之必要者，法院得免其刑之全部或一部執行。
前三項免其刑之執行，以有期徒刑或拘役為限。
刑法第99條:
保安處分自應執行之日起逾三年未開始或繼續執行者，非經法院認為原宣告保安處分之原因仍繼續存在時，不得許可執行；逾七年未開始或繼續執行者，不得執行。